GAUJAN est situé dans la région Midi-Pyrénées, au Sud-Est du département du Gers, en bordure de la Haute Garonne et des Hautes Pyrénées. On y accède facilement par la départementale N°12 qui vient de Gimont et qui monte vers les Pyrénées.
Le Moulin se trouve sur une rivière : LA GIMONE. Elle prend sa source sur le Plateau de Lannemezan dans les Hautes Pyrénées (65) et se jette dans la GARONNE en amont de Castelsarrasin dans le département du Tarn et Garonne (82).
En pleine nature, et non loin des grandes plaines à blé du Nord Est du département.